HPC升級、云計算首選、可控的共享基因數據庫 曙光官微發(fā)布《先進(jìn)計算“精準醫療”領(lǐng)域三大趨勢》

健康是所有人的追求，隨著(zhù)技術(shù)進(jìn)步基于“個(gè)人”基因、病史等大數據分析的“精準醫療”，正成為各國醫學(xué)界探索的新方向。

近日，中科曙光在其官微發(fā)布了《先進(jìn)計算“精準醫療”領(lǐng)域三大趨勢》（以下簡(jiǎn)稱(chēng)“趨勢”），“趨勢”指出：1、精準醫療對于HPC（高性能計算機）的需求將隨著(zhù)海量增加的基因數據和復雜的組學(xué)分析流程而全面升級；2、云計算將成為“精準醫療”首選場(chǎng)景；3、不同研究機構將聯(lián)合建立可控的共享基因數據庫。

圖說(shuō)：中科曙光官微

云計算將成為“精準醫療”首選場(chǎng)景

自2015年美國前總統奧巴馬提出“精準醫療計劃”以來(lái)，包括我國的十余國家已提出相關(guān)計劃。2016年，中國科技部首次召開(kāi)“國家精準醫療戰略專(zhuān)家會(huì )議”，計劃在2030年前投入600億元推動(dòng)“精準醫療”發(fā)展。而“精準醫療”已離不開(kāi)先進(jìn)計算的支持。

《先進(jìn)計算“精準醫療”領(lǐng)域三大趨勢》指出，隨著(zhù)“精準醫療”的基因檢測、組學(xué)分析等技術(shù)的發(fā)展，對“先進(jìn)計算”平臺提出了更高的性能與兼容性要求。

如針對“精準醫療”第三代基因測序、組學(xué)分析等技術(shù)的大批量、小規模，一次提交成百上千應用數據處理需求特點(diǎn)，以及多種基因檢測及特征分析軟件并存、更新迭代快且無(wú)統一標準的局面，HPC將全面升級，具備PB（十億億字節）級存儲架構下，解決數據復雜流程分析能力，并適應軟件的多樣與多變。

目前，“個(gè)人”基因測序成本已下降到幾百美金，但個(gè)人的“基因譜”如何才能得到系統的“精準醫療”檢測，業(yè)界還沒(méi)有完善產(chǎn)業(yè)模式。但像谷歌、微軟已開(kāi)始通過(guò)云計算提供“基因云”等服務(wù)，因此未來(lái)更多“精準醫療”場(chǎng)景將首先通過(guò)“云計算”來(lái)實(shí)現。

此外，隨著(zhù)基因測序的普及，“精準醫療”產(chǎn)業(yè)鏈上的不同研究機構，將在可控條件下，交換共享基因數據，以提升各自在相關(guān)領(lǐng)域的研發(fā)能力和效率，建立可控的共享基因數據庫。

曙光為超60家醫療機構提供“先進(jìn)計算”方案

對此“趨勢”，中科曙光解決方案中心技術(shù)總監楊莉表示，曙光很早便為醫療機構提供“先進(jìn)計算”解決方案。非典時(shí)期，曙光4000超級計算機無(wú)償協(xié)助完成了SARS全基因組測序。

“‘精準醫療’發(fā)展依靠對海量醫療數據信息的存儲、分析、利用，如何快速進(jìn)行復雜流程的數據分析、將海量數據轉化為可用信息，是精準醫療的難題，也是對先進(jìn)計算平臺的挑戰?！睏罾虮硎?，目前曙光已為“北京大學(xué)醫學(xué)部”、“四川省人民醫院”等超12所三甲級醫院，以及“重慶市巴南醫院”、“江蘇泰州市人民醫院”等超50家普通醫院、縣級醫院、醫療機構等提供計算服務(wù)。

此外，曙光還與華大基因等“基因組學(xué)研發(fā)機構”合作，推動(dòng)基因測序行業(yè)發(fā)展。而本次發(fā)布的“趨勢”正是基于曙光為大量客戶(hù)提供解決方案實(shí)踐所得到的。

北京邁基諾基因科技股份有限公司，首席IT架構與運維工程師王曉斌表示。目前“基因測序”數據作為“精準醫療”行業(yè)的基礎，是整個(gè)行業(yè)投入資源最多領(lǐng)域。而第二、三代“基因測序”軟件，對計算平臺的IO讀寫(xiě)穩定與帶寬，還有CPU性能要求較高。

王曉斌和同事在考察了多家供應商后，基于數據讀寫(xiě)效率以及計算穩定性考慮，于2018年上半年采購了曙光可支持Infiniband網(wǎng)絡(luò )的并行存儲設備，以及四路服務(wù)器產(chǎn)品。

“從硬件到軟件，曙光對Infiniband架構并行儲存器都有完善的解決方案，對‘基因測序’軟件的兼容性很好，整個(gè)存儲系統運行一年多很穩定?！蓖鯐员笳f(shuō)，今年他們還會(huì )繼續加大在存儲與計算設備領(lǐng)域的投入，以滿(mǎn)足業(yè)務(wù)增長(cháng)需求。

目前，中科曙光具備提供“精準醫療”全方位“先進(jìn)計算”平臺的成熟經(jīng)驗，對基因組、蛋白組、轉錄組和代謝組等組學(xué)技術(shù)的分析、存儲、共享，以及精準醫療相關(guān)研究中大數據的分析、解讀，具有從硬件、軟件、維護的全面支持服務(wù)。

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